Суверени Војни Витешки Ред Змаја се састоји од Врховне Команде Реда, од 24 витеза и од неограниченог броја пешадинаца. Постоје две врсте органа унутар Реда: Управе Реда и Савет Витезова. Врховну Команду Реда сачињавају: Велики Мајстор Реда, Канцелар Реда и Командант Реда. Врховна Команда Реда је највиши управни и извршни орган у Реду и целокупан Ред је њему подређен. Велики Мајстор реда је по рангу  виши од Канцелара Реда и Команданта Реда, и ову позицију може заузети само припадник српске краљевске породице. Принцип доношења одлука унутар Врховне Команде реда је заснован на сагласју које произилази из једномислија. До једномислија и сагласја је долази искључиво кроз духовни, литургијски процес. Литургијом се елиминише гордост и отварају се врата Светом Духу да мистичним путем доноси одлуке дејствујући кроз чланове Врховне Команде Реда.

Неслагање се подразумева као неуспех. У том случају одлуку доноси Велики Мајстор Реда. Одлука Великог Мајстора Реда је апсолутна и необорива јер је његов положај у Реду и унутар Врховне Команде апсолутан. Чланови Врховне Команде Реда морају бити Православне вере. Врховна Команда Реда проглашава витезове, проглашава пешадинце и врши промоцију у пешадинце – заставнике, именује функције у Реду, разрешава функције и звања у Реду и доноси све друге концепцијске, управне и извршне одлуке у вези са Редом. 24 витеза Реда представљају унутрашњи круг у Реду и хијерархијски се налазе на вишем положају од пешадинаца. Звање, тј. чин  витеза је доживотан и може се изгубити само због тежег дисциплинског прекршаја услед кога санкцију изриче Врховна Команда Реда. Нови витез може бити примљен тек када једно место остане слободно услед иступања из Реда, смрти или дисциплинске санкције која повлачи губитак звања витеза. Чланови реда са звањем витеза морају бити хришћанске вере у неком од аутентичних предања ове вере. Пешадинци Реда су звање, тј. чин који се налази хијерархијски испод витезова и њихов број није ограничен. Они немају никакву обавезу према Реду, међутим уколико то желе, могу ступити на неку функцију Реда, и самим тим преузети неке обавезе. Постоје два нивоа пешадинца. Први је само пешадинац. Други је чин пешадинац – заставник који је изнад пешадинца. Чин пешадинца – заставника се добија за заслуге у остваривању циљева Реда. Чин  пешадинца – заставника додељује Врховна Команда Реда на предлог Обласног или Националног Команданта Реда или неког од витезова Реда. Суверени Војни Витешки Ред Змаја је територијално организован кроз Обласне Команде унутар наше државе и на Националне Команде у другим државама. На челу Обласне Команде Реда налази се Обласни Командант, а на челу Националне Команде се налази Национални Командант Реда. Обласне и Националне Команданте поставља и разрешава Врховна Команда Реда. И једне и друге су директно подређене Врховној Команди Реда. Из функционалне перспективе, постоје органи који се зову Управе Реда. Четири су управе Реда: за хуманитарне послове, за политику, за економију и за јавно оглашавања (медије). Друге Управе могу бити основане уколико се за тиме укаже потреба. На челу Управе Реда налази се Генерални Секретар Управе који мора имати звање, тј. чин витеза Реда. Поред Генералног Секретара Управе, постоје још две функције на челу Управе Реда испод Генералног Секретара, а то су два хијерархијски једнака Секретара Управе.

Суверени Војни Витешки Ред Змаја има орган који се зове Савет Витезова. Овај орган се састоји од три члана Реда са звањем витеза који дужином свог служења Реду и личним интегритетом и усавршеношћу задовољавају услов за чланство у Савету Витезова. Функција овог тела је саветодавног и јуридичког карактера. Савет Витезова на захтев Врховне Команде Реда може својим мишљењем помоћи Врховној Команди Реда у доношењу неке одлуке уколико јој је таква помоћ потребна. Савет Витезова такође има функцију надзора над целокупним активностима Реда (осим над радом Врховне Команде Реда), над Обласним и Националним Командама и над Управама Реда.